| 国立研究開発法人科学技術振興機構運営費交付金に必要な経費 | 文部科学省 | D | その他 | 18.7億円 |
| 国立研究開発法人科学技術振興機構運営費交付金に必要な経費 | 文部科学省 | C | その他 | 9.2億円 |
| 医療研究開発推進事業費補助金（医薬品プロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 厚生労働省 | D | 随意契約（その他） | 8.0億円 |
| 革新的パワーエレクトロニクス創出基盤技術研究開発事業 | 文部科学省 | B | 随意契約（企画競争） 3者 落札率100 | 5.1億円 |
| 革新的先端研究開発支援事業 | 文部科学省 | D | その他 | 5.0億円 |
| 科学技術イノベーション創造推進費（健康・医療分野） | 内閣府 | I | 随意契約（その他） | 4.6億円 |
| 医療研究開発推進事業費補助金（データ利活用・ライフコースプロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 厚生労働省 | D | 随意契約（その他） | 4.1億円 |
| 脳神経科学統合プログラム | 文部科学省 | D | 補助金等交付 | 3.4億円 |
| 橋渡し研究プログラム | 文部科学省 | D | 随意契約（公募） 1者 落札率0 | 3.0億円 |
| マテリアル先端リサーチインフラ | 文部科学省 | C | 随意契約（その他） | 2.4億円 |
| 革新的先端研究開発支援事業 | 文部科学省 | E | その他 | 1.8億円 |
| 医療研究開発推進事業費補助金（シーズ開発・基礎研究プロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 厚生労働省 | C | 補助金等交付 | 1.7億円 |
| エネルギー・環境分野の中長期的課題解決に資する新技術先導研究プログラム | 経済産業省 | D | 随意契約（企画競争） 2者 落札率100 | 1.7億円 |
| 次世代がん医療加速化研究事業 | 文部科学省 | C | 随意契約（その他） | 1.6億円 |
| 科学技術イノベーション創造推進費（健康・医療分野） | 内閣府 | G | 随意契約（その他） | 1.6億円 |
| 水素社会実現に向けた革新的燃料電池技術等の活用のための研究開発事業 | 経済産業省 | B | 随意契約（企画競争） 71者 落札率97 | 1.5億円 |
| 大学の国際化によるソーシャルインパクト創出支援事業 | 文部科学省 | B | 補助金等交付 | 1.5億円 |
| マテリアル先端リサーチインフラ | 文部科学省 | B | 随意契約（その他） | 1.5億円 |
| スマートバイオ創薬等研究支援事業 | 文部科学省 | D | 随意契約（その他） | 1.4億円 |
| 独立行政法人日本学術振興会運営費交付金に必要な経費 | 文部科学省 | E | その他 | 1.1億円 |
| 独立行政法人日本学術振興会運営費交付金に必要な経費 | 文部科学省 | C | その他 | 1.1億円 |
| がん診療連携拠点病院機能強化事業等 | 厚生労働省 | C | 補助金等交付 | 1.1億円 |
| IoT社会実現に向けた次世代人工知能・センシング等中核技術開発 | 経済産業省 | C | 随意契約（企画競争） 28者 落札率100 | 1.0億円 |
| 量子・古典ハイブリッド技術のサイバー・フィジカル開発事業 | 経済産業省 | C | その他 | 0.95億円 |
| 橋渡し研究プログラム | 文部科学省 | C | 補助金等交付 | 0.85億円 |
| 英知を結集した原子力科学技術・人材育成推進事業 | 文部科学省 | B | 随意契約（その他） | 0.75億円 |
| エネルギー・環境分野の官民による若手研究者発掘支援事業 | 経済産業省 | C | 補助金等交付 | 0.72億円 |
| 独立行政法人自動車事故対策機構運営費交付金 | 国土交通省 | F | 随意契約（公募） | 0.71億円 |
| 光・量子飛躍フラッグシッププログラム（Q-LEAP) | 文部科学省 | C | 随意契約（その他） | 0.66億円 |
| 医療機器等研究成果展開事業 | 文部科学省 | B | 随意契約（その他） | 0.65億円 |
| 次世代燃料安定供給のためのトランジション促進事業 | 経済産業省 | C | 随意契約（公募） 1者 落札率100 | 0.56億円 |
| 脱炭素社会実現に向けた省エネルギー技術の研究開発・社会実装促進プログラム | 経済産業省 | C | その他 | 0.52億円 |
| 共同利用・共同研究システム形成事業 | 文部科学省 | C | 補助金等交付 | 0.50億円 |
| イノベーション創出のためのフロンティア育成・基盤構築事業（うち官民による若手研究者発掘支援事業） | 経済産業省 | C | 補助金等交付 | 0.45億円 |
| 電気自動車用革新型蓄電池技術開発 | 経済産業省 | F | その他 | 0.45億円 |
| 国立研究開発法人科学技術振興機構運営費交付金に必要な経費 | 文部科学省 | E | その他 | 0.44億円 |
| 医療機器等における先進的研究開発・開発体制強靱化事業 | 経済産業省 | D | その他 | 0.42億円 |
| AI等の活用を推進する研究データエコシステム構築事業 | 文部科学省 | B | 随意契約（その他） | 0.40億円 |
| 独立行政法人日本学術振興会運営費交付金に必要な経費 | 文部科学省 | B | その他 | 0.34億円 |
| カーボンリサイクル・次世代火力発電の技術開発等事業 | 経済産業省 | F | 随意契約（企画競争） 1者 落札率100 | 0.33億円 |
| 地震防災研究戦略プロジェクト | 文部科学省 | B | 随意契約（その他） | 0.28億円 |
| データ創出・活用型マテリアル研究開発プロジェクト | 文部科学省 | B | 随意契約（その他） | 0.25億円 |
| ポストコロナ時代の医療人材養成拠点形成事業 | 文部科学省 | B | その他 | 0.24億円 |
| 革新的パワーエレクトロニクス創出基盤技術研究開発事業 | 文部科学省 | D | 随意契約（企画競争） 14者 落札率100 | 0.24億円 |
| 太陽光発電の導入可能量拡大等に向けた技術開発事業 | 経済産業省 | F | 随意契約（公募） 9者 落札率100 | 0.21億円 |
| 医療研究開発推進事業費補助金（医療機器・ヘルスケアプロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 厚生労働省 | C | 補助金等交付 | 0.20億円 |
| 医療・健康推進事業（うち再生医療・遺伝子治療の産業化に向けた基盤技術開発事業） | 経済産業省 | E | 随意契約（その他） | 0.20億円 |
| エネルギー・環境分野の中長期的課題解決に資する新技術先導研究プログラム | 経済産業省 | E | 随意契約（企画競争） | 0.20億円 |
| 革新的な省CO2型環境衛生技術等の実用化加速のための実証事業（一部総務省連携事業） | 環境省 | G | その他 | 0.20億円 |
| 水素社会実現に向けた革新的燃料電池技術等の活用のための研究開発事業 | 経済産業省 | D | その他 | 0.20億円 |
| 次世代蓄電池・材料評価技術開発事業 | 経済産業省 | C | その他 | 0.16億円 |
| 医療分野国際科学技術共同研究開発推進事業 | 文部科学省 | D | 随意契約（その他） | 0.14億円 |
| 医療分野国際科学技術共同研究開発推進事業 | 文部科学省 | C | 随意契約（その他） | 0.14億円 |
| 北極域研究推進プロジェクト | 文部科学省 | D | 随意契約（その他） | 0.14億円 |
| 省エネ半導体関連開発事業（うち高効率・高速処理を可能とする次世代コンピューティングの技術開発事業） | 経済産業省 | G | その他 | 0.13億円 |
| 気候変動適応戦略イニシアチブ | 文部科学省 | J | その他 | 0.12億円 |
| 先端計算科学等を活用した新規機能性材料合成・製造プロセス開発事業 | 経済産業省 | L | その他 | 0.10億円 |
| 次世代航空機開発・次世代空モビリティ社会実装に向けた基盤技術開発事業（うち航空機向け革新的推進システム開発事業） | 経済産業省 | G | その他 | 0.10億円 |
| ゲノム医療実現バイオバンク利活用プログラム（B-cure） | 文部科学省 | D | 随意契約（公募） 1者 落札率100 | 0.10億円 |
| 文化財保護対策の検討等 | 文化庁 | B | 一般競争契約（総合評価） 1者 落札率94.8 | 0.09億円 |
| 次世代火山研究・人材育成総合プロジェクト | 文部科学省 | N | 随意契約（その他） | 0.09億円 |
| ヘルスケア産業競争力強化事業（うちヘルスケア産業基盤高度化推進事業） | 経済産業省 | J | その他 | 0.09億円 |
| 大学の力を結集した、地域の脱炭素化加速のための基盤研究開発 | 文部科学省 | B | その他 | 0.07億円 |
| 革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ（ＨＰＣＩ）の構築 | 文部科学省 | M | 随意契約（その他） | 0.06億円 |
| 我が国における大規模言語モデル（LLM）の開発力強化に向けたデータの整備･拡充（令和７年度補正では、信頼できるAIの開発・活用支援に資するデータ整備及び能動的評価基盤構築に関する研究開発） | 総務省 | W | その他 | 0.06億円 |
| 原子力システム研究開発委託費 | 文部科学省 | D | 随意契約（その他） | 0.05億円 |
| 新興感染症対応力強化事業 | 厚生労働省 | C | 補助金等交付 | 0.05億円 |
| 通信教養 | 警察庁 | C | 随意契約（その他） | 0.05億円 |
| 原子力システム研究開発委託費 | 文部科学省 | H | 随意契約（その他） | 0.04億円 |
| カーボンリサイクル・次世代火力発電の技術開発等事業 | 経済産業省 | E | 随意契約（企画競争） 1者 落札率100 | 0.04億円 |
| ユネスコ未来共創プラットフォーム事業 | 文部科学省 | E | 随意契約（企画競争） 1者 落札率100 | 0.03億円 |
| 食品健康影響評価技術の研究に必要な経費 | 内閣府 | E | 随意契約（公募） 6者 落札率100 | 0.03億円 |
| 看護師の特定行為に係る研修機関支援事業 | 厚生労働省 | E | 補助金等交付 | 0.03億円 |
| 教育課程の基準の改善 | 文部科学省 | B | 随意契約（企画競争） 17者 落札率100 | 0.02億円 |
| 地熱資源開発等事業（うち地熱・地中熱等導入拡大技術開発事業） | 経済産業省 | G | その他 | 0.01億円 |
| 水資源開発事業 | 国土交通省 | H | 随意契約（その他） | 0.01億円 |
| 次世代火山研究・人材育成総合プロジェクト | 文部科学省 | O | 随意契約（その他） | 0.01億円 |
| 福島医薬品関連産業支援拠点化事業 | 復興庁 | D | 随意契約（少額） | 0.01億円 |
| 北海道赤潮対策緊急支援事業 | 水産庁 | D | 随意契約（少額） | 0.01億円 |
| 次世代火山研究・人材育成総合プロジェクト | 文部科学省 | T | 随意契約（その他） | 0.00億円 |
| 地すべり対策事業 | 国土交通省 | C | 随意契約（その他） | 0.00億円 |