| 医療研究開発推進事業費補助金（保健衛生医療調査等推進事業費補助金等を含む） | 厚生労働省 | 補助金等交付 | 552億円 |
| 医療研究開発推進事業費補助金（医薬品プロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 厚生労働省 | 補助金等交付 | 191億円 |
| 医療研究開発推進事業費補助金（データ利活用・ライフコースプロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 厚生労働省 | 補助金等交付 | 169億円 |
| 医学系研究支援プログラム | 文部科学省 | 補助金等交付 | 134億円 |
| 革新的先端研究開発支援事業 | 文部科学省 | 補助金等交付 | 110億円 |
| 再生・細胞医療・遺伝子治療実現加速化プログラム | 文部科学省 | 補助金等交付 | 108億円 |
| 科学技術イノベーション創造推進費（健康・医療分野） | 内閣府 | 補助金等交付 | 85.2億円 |
| 脳神経科学統合プログラム | 文部科学省 | 補助金等交付 | 76.7億円 |
| 科学技術イノベーション創造推進費（健康・医療分野） | 内閣府 | 補助金等交付 | 69.7億円 |
| 国立研究開発法人日本医療研究開発機構運営費交付金に必要な経費 | 文部科学省 | 運営費交付金交付 | 65.6億円 |
| 医療研究開発推進事業費補助金（感染症プロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 厚生労働省 | 補助金等交付 | 61.1億円 |
| 医療研究開発推進事業費補助金（再生・細胞医療・遺伝子治療プロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 厚生労働省 | 補助金等交付 | 54.8億円 |
| 橋渡し研究プログラム | 文部科学省 | 補助金等交付 | 53.5億円 |
| 医療・健康推進事業（うち次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業） | 経済産業省 | 補助金等交付 | 49.9億円 |
| ゲノム医療実現バイオバンク利活用プログラム（B-cure） | 文部科学省 | 補助金等交付 | 48.2億円 |
| 生命科学・創薬研究支援基盤事業 | 文部科学省 | 補助金等交付 | 46.2億円 |
| 感染症危機対応医薬品等の研究開発プラットフォーム | 文部科学省 | 補助金等交付 | 38.3億円 |
| 医療・健康推進事業（うち再生医療・遺伝子治療の産業化に向けた基盤技術開発事業） | 経済産業省 | 補助金等交付 | 36.3億円 |
| 医療研究開発推進事業費補助金（シーズ開発・基礎研究プロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 厚生労働省 | 補助金等交付 | 36.2億円 |
| 次世代がん医療加速化研究事業 | 文部科学省 | 運営費交付金交付 | 35.0億円 |
| 医療機器等における先進的研究開発・開発体制強靱化事業 | 経済産業省 | 補助金等交付 | 34.3億円 |
| 感染症危機対応医薬品等の研究開発プラットフォーム | 文部科学省 | 補助金等交付 | 31.5億円 |
| 医療研究開発推進事業費補助金（医療機器・ヘルスケアプロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 厚生労働省 | 補助金等交付 | 28.7億円 |
| 新興・再興感染症研究基盤創生事業 | 文部科学省 | 補助金等交付 | 25.6億円 |
| 科学技術イノベーション創造推進費（健康・医療分野） | 内閣府 | 補助金等交付 | 19.9億円 |
| 介護DXを利用した抜本的現場改善事業 | 経済産業省 | 補助金等交付 | 19.4億円 |
| ヒューマン・フロンティア・サイエンス・プログラム | 文部科学省 | 補助金等交付 | 18.5億円 |
| 医療・健康推進事業（うち予防・健康づくりの社会実装に向けた研究開発基盤整備事業） | 経済産業省 | 補助金等交付 | 15.0億円 |
| スマートバイオ創薬等研究支援事業 | 文部科学省 | 補助金等交付 | 14.8億円 |
| 医工連携イノベーション推進事業 | 経済産業省 | 補助金等交付 | 13.2億円 |
| 国立研究開発法人日本医療研究開発機構設備整備費補助 | 文部科学省 | 補助金等交付 | 12.7億円 |
| 医療機器等研究成果展開事業 | 文部科学省 | 補助金等交付 | 10.9億円 |
| 医療分野国際科学技術共同研究開発推進事業 | 文部科学省 | 補助金等交付 | 9.3億円 |
| こども家庭科学研究費補助金等（こども家庭行政推進調査事業費補助金を含む） | こども家庭庁 | 補助金等交付 | 5.8億円 |
| 医療・介護・健康データ利活用基盤高度化事業（医療研究開発推進事業費補助金） | 総務省 | 補助金等交付 | 5.0億円 |
| 生体機能国際協力基礎研究事業 | 経済産業省 | 補助金等交付 | 4.9億円 |
| スタートアップ支援事業（うち次世代ヘルステック・スタートアップ育成支援事業） | 経済産業省 | 補助金等交付 | 3.8億円 |
| 健康・医療研究開発データ統合利活用プラットフォーム事業 | 文部科学省 | 補助金等交付 | 3.1億円 |
| イノベーション創出のためのフロンティア育成・基盤構築事業（うち官民による若手研究者発掘支援事業） | 経済産業省 | 補助金等交付 | 3.0億円 |
| 健康・医療分野におけるムーンショット型研究開発等事業 | 文部科学省 | 補助金等交付 | 1.2億円 |
| 医療・健康推進事業（うち健康・医療研究開発データ統合利活用プラットフォーム事業） | 経済産業省 | 補助金等交付 | 1.2億円 |
| 科学技術イノベーション創造推進費（健康・医療分野） | 内閣府 | 補助金等交付 | 0.21億円 |
| 健康・医療分野におけるムーンショット型研究開発等事業 | 内閣府 | 補助金等交付 | 0円 |
| ワクチン・新規モダリティ研究開発事業 | 内閣府 | 補助金等交付 | 0円 |
| 先端国際共同研究推進事業/プログラム | 文部科学省 | — | 0円 |
| ワクチン・新規モダリティ研究開発事業 | 文部科学省 | 補助金等交付 | 0円 |
| ワクチン開発のための世界トップレベル研究開発拠点の形成事業 | 文部科学省 | 補助金等交付 | 0円 |
| スタートアップ支援事業（うち医工連携グローバル展開事業） | 経済産業省 | 補助金等交付 | 0円 |
| 医療・健康推進事業（うち次世代型医療機器開発等促進事業） | 経済産業省 | 補助金等交付 | 0円 |
| 医療・健康推進事業（うち予防・健康づくりの社会実装加速化事業） | 経済産業省 | — | 0円 |
| デジタルヘルスケア開発・導入加速化事業 | 経済産業省 | 補助金等交付 | 0円 |