| 農地の防災保全（補助） | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 34.8億円 |
| 農地の防災保全（補助） | 農林水産省 | C | 補助金等交付 | 34.1億円 |
| TPP等関連農業農村整備事業 | 農林水産省 | B | その他 | 30.2億円 |
| 農業競争力強化基盤整備事業 | 農林水産省 | B | その他 | 29.1億円 |
| 農業競争力強化基盤整備事業 | 農林水産省 | D | その他 | 28.3億円 |
| 多面的機能支払交付金 | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 24.4億円 |
| 農業施設災害復旧等事業 | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 15.7億円 |
| 農地耕作条件改善事業 | 農林水産省 | C | 補助金等交付 | 10.3億円 |
| 農地耕作条件改善事業 | 農林水産省 | E | 補助金等交付 | 9.5億円 |
| 農村整備事業 | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 5.8億円 |
| 農地中間管理機構による集積・集約化活動 | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 5.5億円 |
| ダムの維持管理事業 | 国土交通省 | O | その他 | 4.5億円 |
| 海岸事業 | 国土交通省 | J | その他 | 3.7億円 |
| 畑地化促進事業 | 農林水産省 | C | 補助金等交付 | 3.1億円 |
| 農業用用排水施設の維持・保全（補助） | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 3.0億円 |
| 新規就農者育成総合対策のうち経営発展への支援・資金面の支援（令和7年度補正：新規就農者確保緊急円滑化対策のうち就農準備・経営開始支援事業及び世代交代・初期投資促進事業、雇用就農緊急対策のうち雇用就農緊急支援資金） | 農林水産省 | N | 補助金等交付 | 2.8億円 |
| 地すべり対策事業 | 国土交通省 | I | その他 | 2.4億円 |
| 経営所得安定対策等推進事業 | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 2.4億円 |
| 担い手確保・経営強化支援事業 | 農林水産省 | C | 補助金等交付 | 1.9億円 |
| 農業用用排水施設の維持・保全（補助） | 農林水産省 | C | 補助金等交付 | 1.8億円 |
| 環境保全型農業直接支払交付金 | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 1.4億円 |
| 農地利用効率化等支援交付金 | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 1.4億円 |
| 農地利用最適化交付金 | 農林水産省 | B | その他 | 0.86億円 |
| 被災者支援総合交付金（Ⅰ．１．⑥県外避難者支援事業） | 復興庁 | I | 補助金等交付 | 0.76億円 |
| 新規就農者育成総合対策のうち経営発展への支援・資金面の支援（令和7年度補正：新規就農者確保緊急円滑化対策のうち就農準備・経営開始支援事業及び世代交代・初期投資促進事業、雇用就農緊急対策のうち雇用就農緊急支援資金） | 農林水産省 | H | 補助金等交付 | 0.69億円 |
| 新規就農者育成総合対策のうち経営発展への支援・資金面の支援（令和7年度補正：新規就農者確保緊急円滑化対策のうち就農準備・経営開始支援事業及び世代交代・初期投資促進事業、雇用就農緊急対策のうち雇用就農緊急支援資金） | 農林水産省 | E | 補助金等交付 | 0.63億円 |
| スマートウェルネス住宅等推進事業 | 国土交通省 | D | 補助金等交付 | 0.62億円 |
| 地域計画策定推進緊急対策事業 | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 0.53億円 |
| 地域スポーツクラブ活動体制整備事業／（令和５年度より地域運動部活動推進事業から改称） | スポーツ庁 | B | 随意契約（その他） | 0.52億円 |
| 農業施設災害復旧等事業 | 農林水産省 | C | 補助金等交付 | 0.50億円 |
| 国有農地等管理処分事業 | 農林水産省 | D | その他 | 0.48億円 |
| 水産業競争力強化緊急事業 | 水産庁 | B | 補助金等交付 | 0.47億円 |
| 休廃止鉱山鉱害防止等工事費補助事業 | 経済産業省 | C | 補助金等交付 | 0.42億円 |
| 新規就農者育成総合対策のうち誘致環境の整備、農業教育の高度化等への支援（令和7年度補正：新規就農者確保緊急円滑化対策のうち農業教育環境整備事業及び農業の魅力発信支援事業） | 農林水産省 | M | 補助金等交付 | 0.40億円 |
| 農山漁村振興交付金 | 農林水産省 | P | 補助金等交付 | 0.33億円 |
| 花粉の少ない森林への転換促進緊急総合対策 | 林野庁 | F | 補助金等交付 | 0.27億円 |
| 花粉の少ない森林への転換促進緊急総合対策 | 林野庁 | Z | 補助金等交付 | 0.22億円 |
| 動物の愛護及び管理事業 | 環境省 | I | 補助金等交付 | 0.20億円 |
| 休廃止鉱山鉱害防止等工事費補助事業 | 経済産業省 | B | 補助金等交付 | 0.19億円 |
| 河川等災害復旧事業 | 国土交通省 | I | 補助金等交付 | 0.17億円 |
| みどりの食料システム戦略緊急対策事業 | 農林水産省 | I | 補助金等交付 | 0.15億円 |
| 災害救助等に要する経費 | 内閣府 | C | 補助金等交付 | 0.15億円 |
| 一般空港等整備事業（補助） | 国土交通省 | D | 補助金等交付 | 0.14億円 |
| 農山漁村振興交付金 | 農林水産省 | F | 補助金等交付 | 0.14億円 |
| 農業経営・就農支援体制整備推進事業 | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 0.13億円 |
| 特用林産施設体制整備復興事業 | 復興庁 | B | 補助金等交付 | 0.13億円 |
| 新規就農者育成総合対策のうち誘致環境の整備、農業教育の高度化等への支援（令和7年度補正：新規就農者確保緊急円滑化対策のうち農業教育環境整備事業及び農業の魅力発信支援事業） | 農林水産省 | F | 補助金等交付 | 0.11億円 |
| 輸出環境整備緊急対策事業 | 農林水産省 | L | 補助金等交付 | 0.11億円 |
| 一般空港等整備事業（補助） | 国土交通省 | B | 補助金等交付 | 0.09億円 |
| 旧優生保護補償金等支給等諸費(都道府県事務取扱交付金等) | こども家庭庁 | B | 補助金等交付 | 0.08億円 |
| 社会福祉施設等災害復旧費補助金等 | 厚生労働省 | C | 補助金等交付 | 0.08億円 |
| 新ロードマップに基づく資源管理等高度化促進事業（新たな資源管理システム構築促進事業）（令和７年度補正：海洋環境の変化に対応した資源管理体制の整備） | 水産庁 | G | 随意契約（公募） 1者 落札率0 | 0.08億円 |
| 地域食品産業連携プロジェクト推進事業 | 農林水産省 | C | 補助金等交付 | 0.07億円 |
| 学校における文化芸術活動の推進等 | 文化庁 | F | 随意契約（公募） 54者 落札率100 | 0.07億円 |
| 救急患者の受入体制の充実 | 厚生労働省 | C | 補助金等交付 | 0.06億円 |
| みどりの食料システム戦略推進総合対策 | 農林水産省 | H | 補助金等交付 | 0.06億円 |
| 交通取締り資機材等の整備 | 警察庁 | E | 補助金等交付 | 0.05億円 |
| コメ新市場開拓等促進事業 | 農林水産省 | C | 補助金等交付 | 0.05億円 |
| 農薬等ポジティブリスト制度推進事業 | 消費者庁 | B | その他 | 0.05億円 |
| 持続的生産強化対策事業（令和５年度は環境負荷軽減型持続的生産支援における調査等委託費を含む） | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 0.04億円 |
| 新時代に対応した高等学校改革推進事業 | 文部科学省 | B | 随意契約（その他） | 0.04億円 |
| 原子力・エネルギー教育支援事業交付金 | 文部科学省 | B | 補助金等交付 | 0.03億円 |
| 災害臨時特例補助金(医療保険分) | 復興庁 | D | 補助金等交付 | 0.03億円 |
| 国産小麦・大豆供給力強化総合対策 | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 0.03億円 |
| 高温対策栽培体系への転換支援 | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 0.03億円 |
| 大気汚染防止推進費 | 環境省 | E | 随意契約（その他） | 0.02億円 |
| 被災児童生徒就学支援等事業 | 復興庁 | B | 補助金等交付 | 0.02億円 |
| 救急患者の受入体制の充実（統合補助金分） | 厚生労働省 | C | 補助金等交付 | 0.02億円 |
| 介護報酬改定等に伴うシステム改修経費 | 厚生労働省 | C | 補助金等交付 | 0.02億円 |
| 医療施設等施設整備費補助金 | 厚生労働省 | E | 補助金等交付 | 0.02億円 |
| 電源等の立地地域への支援事業（うち交付金事務等交付金） | 経済産業省 | B | 補助金等交付 | 0.01億円 |
| 学校保健の推進等 | 文部科学省 | G | 補助金等交付 | 0.01億円 |
| 持続的畑作生産体制確立緊急支援事業（令和５年度補正予算） | 農林水産省 | B | その他 | 0.01億円 |
| 総合的な特殊詐欺対策の推進 | 警察庁 | C | その他 | 0.01億円 |
| 花粉の少ない森林への転換促進緊急総合対策 | 林野庁 | I | 補助金等交付 | 0.01億円 |
| 令和の日本型学校体育構築支援事業 | スポーツ庁 | B | 随意契約（企画競争） 46者 落札率100 | 0.01億円 |
| 宗務行政の推進 | 文化庁 | C | 補助金等交付 | 0.01億円 |
| こども・子育てにやさしい社会づくりのための意識改革 | こども家庭庁 | D | 随意契約（その他） | 0.01億円 |
| 森林整備事業（補助） | 林野庁 | F | 補助金等交付 | 0.01億円 |
| 農地土壌炭素貯留等基礎調査事業 | 農林水産省 | B | 随意契約（その他） | 0.01億円 |
| 園芸産地における事業継続強化対策 | 農林水産省 | B | 補助金等交付 | 0.01億円 |
| 国内肥料資源利用拡大対策事業 | 農林水産省 | K | 随意契約（その他） | 0.01億円 |
| 災害時における医療提供体制の確保 | 厚生労働省 | K | 補助金等交付 | 0.01億円 |
| 水産業改良普及事業交付金 | 水産庁 | B | 補助金等交付 | 0.01億円 |
| 畑作物産地形成促進事業 | 農林水産省 | C | 補助金等交付 | 0.01億円 |
| 統計人材確保・育成事業 | 総務省 | B | その他 | 0.00億円 |
| 国民経済計算に必要な経費 | 内閣府 | F | 随意契約（その他） | 0.00億円 |
| 災害時における医療提供体制の確保 | 厚生労働省 | H | 補助金等交付 | 0.00億円 |
| 警察用船舶の整備 | 警察庁 | B | その他 | 0.00億円 |
| 孤独・孤立対策推進経費 | 内閣府 | B | 補助金等交付 | 0.00億円 |
| 災害臨時特例補助金（介護2号保険料分） | 復興庁 | B | 補助金等交付 | 0.00億円 |